办公室

综合协调中心日常工作，负责党务、组织人事、纪检监察、文秘、财务、后勤、档案、安全保卫、计划生育、工会、共青团和妇女等工作；负责常用仪器的维修、防治药物、器械、卫生材料等的采购、供应和保管等工作。

科教信息及质量控制科

负责宣传、科研、培训、健康教育、学术交流工作；负责全市疾病控制系统的卫生信息网络的建设、管理，负责各项检测质量的管理和监督工作。

预防医学门诊部

负责从业人员和其他人员的健康体检，开展流行病、寄生虫病、慢性非传染性疾病、职业病的咨询、诊断、治疗，负责预防注射服务和预防芗的供应。

流行病及寄生虫防治科

负责全市传染病（除免疫规划科管理疾病外）控制监测规划、慢性非传染性疾病预防控制计划、艾滋病预防控制计划和寄生虫病控制、监测计划的组织实施；对重大疫情、传染病暴发流利组织调查和处理；开展急性传染病、慢性非传染性疾病的调查研究和监测工作；负责艾滋病疫情的调查处理；负责对全市HIV抗体检测实验室进行质控及评价；负责寄生虫病的收集、统计分析和综合评价，开展消杀灭服务工作；协助市爱卫办对全市城镇除“四害”工作进行考核鉴定；负责疫情资料的统计上报工作。

免疫规划管理科

实施计划免疫接种规划，负责脊髓灰质炎、麻疹、白喉、百日咳、破伤风、乙脑、风疹及新生儿乙肝等疾病的预防控制；负责免疫接种异常反应及事故的调查处理、有关生物制品质量效果评价和监测；开展疫苗可预防疾病的防治、监测；负责冷链管理工作。

公共卫生科

实施有关食品卫生、环境卫生、学校卫生相应的管理和监测工作；负责健康相关产品的检验受理及卫生学评价；参与食物中毒、违法案件的现场卫生学调查；负责有关部门的专项抽检任务；实施碘缺乏病、地方性氟中毒的控制、监测计划；负责相关卫生监测资料的统计上报。

职业卫生科

负责职业卫生、放射卫生相应的监测工作，负责相关新产品、新材料的检验受理及卫生学评价，参与慢性职业中毒、放射性事故的现场卫生学调查，负责从事有职业危害人员的健康监护和管理；负责相关卫生监测资料的统计上报。

检验科

负责与健康相关产品、公共卫生、急慢性传染病、慢性非传染性疾病检验监测、病因研究和相关产品的微生物、理化、毒理学实验鉴定。